一、新入职员工处理：
【例】某员工2019年1月10日新入职B单位，B单位在2019年2月实际发放工资，并在2019年3月征期为申报税款所属期为2019年2月的个税：
（1）该员工在新入职B单位仅取得1个月的工资，预扣预缴工资薪金个人所得税，应该累计减除费用为5000元（5000元/月×1个月）；
（2）由于个税扣缴申报系统是按照入职的时间算减除费用，如果采集该员工人员信息时，入职日期是1月，则2019年3月征期为申报税款所属期为2019年2月的个税，累计减除费用为10000元（5000元/月×2个月）；
必然会造成人力资源部门计算工资个税时，累计减除费用为5000元，不是按10000元计算预扣预缴的个税
特别是该员工如果2018年12月在原A单位取得工资薪金，且在2019年1月实际发放工资，并在2019年2月征期为申报税款所属期为2019年1月的个税，已经扣除减除费用为5000元，这样就会造成该员工2019年度扣了13个5000元，必然次年3-6月份要去汇算清缴补税（除非其全年综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元）。
（3）如果出现上述问题解决方法
新入职B单位在申报采集人员信息时，受雇从业日期需要选择为2019年2月（可以修改），这样减除费用为5000元。（补充我们已经向相关部门反映系统的问题，建议按照申报的月份数确认减除费用为几个5000元，希望看到文章的时候升级了）
【提醒】根据为该员工申报个税的税款所属期来判断选择受雇从业日期
二、原离职的公司：
1.员工离职，需要在个税系统【人员信息】界面双击要修改的人员名字，将“人员状态”修改为“非正常”，然后填写“离职日期”后保存就可以了。
2.实务中还会存在员工离职后补发工资情况，原单位也需要为员工预扣预缴个人所得税的。具体操作为将“人员状态”修改为正常，税款所属期选择为实际发放工资的月份，填写报表进行申报。
【例】某员工在2018年11月从A公司离职，2019年2月A公司给小张补发工资薪金，B公司在2019年3月征期申报税款所属期为2019年2月的个税时，按照累计预扣法计算的减除费用是5000元/月*2=10000元（累计预扣法按照累计数计算减除费用，即使2019年1月在本公司没有所得，也是按照两个月的减除费用扣除）。
（1）在计算时是不需要考虑离职员工是否在新入职单位取得工资并申报，只需按照该员工在自己公司取得的所得计算即可，若是综合所得，使用累计预扣法；
（2）如果实际上该员工已经在其他家公司入职，对于该员工而言，其个税申报就会重复扣除两个月的减除费用，导致个税少缴纳。但A公司无需操心这个问题，还是按照软件中既定的计算个税公式申报即可。这种情况下，该员工需在次年3-6月汇算清缴时进行补缴税款（除非其全年综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元）。
（3）员工离职后补发全年一次性奖金，如果选择并入当年综合所得计算纳税，也是上述情况。
（4）员工离职后补发全年一次性奖金，如果选择不并入当年综合所得计算纳税，也就没有减除费用什么事了。
三、需要提醒的是：
对于更换公司的员工的来说，需要注意以下两点：
1.在个税APP中，将涉及专项扣除项目“申报方式”中的“扣缴义务人”修改为新公司，这样新公司才可以下载更新到该员工的专项附加扣除信息，从而为其代扣代缴个人所得税。
如果个税APP中“扣缴义务人”选择中没有显示新任职受雇公司，需要由新公司将该员工的人员信息先进行采集报送，报送成功后，个税APP个人中心-任职受雇信息就会显示出新公司了。
2.2019年以后，在一个纳税年度内曾任职两处或两处以上的个人，由于个税是企业分别累计预扣预缴的，可能会导致在个税预缴选择适用税率时，分别选择了较低的税率，而实际全年的应纳税所得额适用的可能是较高的税率，最终会出现需要补缴的情况。
个人需要在次年3-6月份进行个税汇算清缴时补缴税款的（除非其全年综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元）。来源：小陈税务